Άρθρα του έχουν επίσης παρουσιασθεί σε συνέδρια της Αμερικανικής και Βρετανικής Ακαδημίας Μάνατζμεντ, του Strategic Management Society, του European Foundation of Management Development, του European Academy of Management  (EURAM) και του European International Business Academy (EIBA).

Δύο φορές (1996 και 2003) άρθρα του έχουν επιλεγεί μεταξύ εκατοντάδων άρθρων και έχουν δημοσιευθεί στα πρακτικά των καλύτερων άρθρων (Best Paper Proceedings) του τομέα “Επιχειρησιακής Πολιτικής και Στρατηγικής” της Αμερικανικής Ακαδημίας Μάνατζμεντ. Επίσης τέσσερις  φορές (1998, 2010, 2012, 2017) άρθρα στα οποία ήταν συν-συγγραφέας ήταν υποψήφια για Best Papers στο μεγαλύτερο συνέδριο στρατηγικής παγκόσμια (Strategic Management Society).

Ο Δρ. Παπαδάκης είναι συνεκδότης (μαζί με τον καθηγητή του London Business School, Patrick Barwise), ενός διεθνούς ερευνητικού βιβλίου με θέμα την Λήψη Στρατηγικών Αποφάσεων (Kluwer Academic Publishers, 1998). Επίσης είναι συγγραφέας πέντε άλλων βιβλίων: ενός με θέμα την Επιχειρησιακή Στρατηγική (με έμφαση στις Ελληνικές Επιχειρήσεις), ενός δεύτερου με αντικείμενο την παρουσίαση μελετών περιπτώσεων στρατηγικής επιχειρήσεων, ενός τρίτου με θέμα τις Εξαγορές και Συγχωνεύσεις στην Ελλάδα, ενός τέταρτου με θέμα τις κρατικά ελεγχόμενες επιχειρήσεις στην Ελλάδα, το περιβάλλον λειτουργίας τους και το πλαίσιο εποπτείας τους, και τέλος ενός πέμπτου το οποίο πραγματεύεται Επίκαιρα Θέματα Στρατηγικής των Επιχειρήσεων. Το πιο πρόσφατο βιβλίο στο οποίο συμμετέχει έχει θέμα την επιχειρηματικότητα (Spinelli, S., R.J. Adams και Β. Παπαδάκης, Δημιουργία Νεοφυών Επιχειρήσεων: Επιχειρηματικότητα στον 21^ο Αιώνα, Εκδόσεις Utopia, 2015.

Είναι μέλος της Αμερικανικής και της Βρετανικής Ακαδημίας Διοικήσεως Επιχειρήσεων, καθώς και τoυ Strategic Management Society. Είναι κριτής άρθρων σε επιστημονικά περιοδικά και διεθνή συνέδρια (πχ Academy of Management Review, Management Science, Journal of Management Studies, British Journal of Management, Academy of Management Conference, Academy of Management Perspectives,  Organization Studies, Long Range Planning, Human Relations, International Journal of Management Reviews, Journal of Change Management, Canadian Journal of Administrative Sciences κα).

Έχει διατελέσει μέλος της Συγκλήτου του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών (Σεπτ. 2008-Φεβ. 2013), Επιστημονικός Υπεύθυνος της Κατεύθυνσης Τηλεπικοινωνιακών Επιχειρήσεων του ΜΒΑ (2006-2013), μέλος οργανωτικών επιτροπών διεθνών συνεδρίων, και μέλος εκδοτικών συμβουλίων (editorial boards) επιστημονικών περιοδικών. Σήμερα είναι Αντιπρύτανης Διεθνούς Συνεργασίας και Ανάπτυξης του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών και επιστημονικός υπεύθυνος του Προγράμματος εκπαίδευσης Φαρμακοποιών στη ‘Διοίκηση Επιχειρήσεων και Επιχειρηματικότητα’ (με την χορηγία της Apivita).

Έχει συμμετάσχει σε μελέτες που εκπονήθηκαν για Ελληνικές και πολυεθνικές επιχειρήσεις, καθώς και σε έρευνες σε διεθνές και εθνικό επίπεδο. Εκτός από τα προπτυχιακά προγράμματα σπουδών του ΟΠΑ, ο Δρ. Παπαδάκης διδάσκει μαθήματα που άπτονται της Στρατηγικής των Επιχειρήσεων και του Μάνατζμεντ Στρατηγικών Αλλαγών και στα μεταπτυχιακά προγράμματα. Για το διδακτικό του έργο έχει επανειλημμένα τιμηθεί με αριστεία διδασκαλίας από τα μεταπτυχιακά προγράμματα: α) Στελεχών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων (Executive MBA), β) ΜΒΑ International,  γ) Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στο Μάρκετινγκ και Επικοινωνία με Νέες Τεχνολογίες’ δ) Διατμηματικό Πρόγραμμα στη Διοίκηση Επιχειρήσεων (MBA πλήρους φοίτησης), και ε) MBA στη Διοίκηση Τηλεπικοινωνιακών Υπηρεσιών (MBA in Telecoms-Part Time).

O Βασίλης Παπαδάκης συνεργάζεται με ομάδες ανώτατης διοίκησης επιχειρήσεων για την ανάπτυξη στρατηγικής σκέψης, τη χάραξη της στρατηγικής και τη διαχείριση στρατηγικών αλλαγών. Έχει εμπειρία ως σύμβουλος και εκπαιδευτής στελεχών επιχειρήσεων στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, έχοντας συνεργαστεί με επιχειρήσεις, όπως Apivita, Vodafone, Alpha Bank, Eurobank, Sunlight, Ταχυδρομικό Ταμιευτήριο, Praktiker, Roche, Abbott Laboratories, Gilead Sciences, SAP Hellas, ΔΕΗ κ.α.